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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
06/01/2017 |
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Data da última atualização: |
09/02/2017 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
BUSS, C. E.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N.; MUDADU, M. de A.; CESAR, A. S. M.; VENTURA, R. V.; AFONSO, J.; LIMA, A. O. D.; COUTINHO, L. L.; TULLIO, R. R.; REGITANO, L. C. de A. |
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Afiliação: |
C. E. BUSS, UFSCar; P. C. TIZIOTO, CPPSE; P. S. N. OLIVEIRA, CPPSE; MAURICIO DE ALVARENGA MUDADU, CNPTIA; A. S. M. CESAR, Esalq/USP; R. V. VENTURA, Beef Improvement Opportunities, Guelph; J. AFONSO, UFSCar; A. O. D. LIMA, UFSCar; L. L. COUTINHO, Esalq/USP; RYMER RAMIZ TULLIO, CPPSE; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE. |
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Título: |
Genome-wide efficient mixed-model study for meat quality in Nellore cattle. |
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Ano de publicação: |
2016 |
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Fonte/Imprenta: |
Journal of Animal Science, v. 94, p. 428-429, 2016. |
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DOI: |
10.2527/jam2016-0891 |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Supplement 5. Na publicação: M. A. Mudadu. |
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Conteúdo: |
The quality of meat, which includes several traits such as tenderness, juiciness, and fat thickness, is essential for the beef industry. Previous genome-wide association studies (GWAS) using Bayesian methods have shown that Brazilian Nellore cattle have enough genetic variation for improvement of these traits. Thus, the aim of this study was to further identify quantitative trait loci (QTL) associated with meat-quality-related traits in Nellore beef cattle by using the univariate linear mixed model (LMM) approach implemented in the GEMMA software and compare it with our previous GWA studies performed using Bayesian approaches. A total of 387 Nelore steers comprising 34 half-sib families were genotyped using the IlluminaBovineHDBeadChip. We analyzed the association between markers and Warner-Bratzler shear force, backfat thickness, ribeye muscle area, scanning parameters lightness (L*), redness (a*), and yellowness (b*) to ascertain color characteristics of the meat, water-holding capacity, cooking loss, muscle pH, myofibrillar fragmentation index, saturated fat sum, omega-6 fatty acids sum, omega-3 fatty acids sum, and ethereal extract. These phenotypes were measured in the Longissimus dorsi muscle between the 11th and 13th ribs collected at slaughter. We identified fifty-three genomic regions that each contained at least one single nucleotide polymorphism (SNP) that showed a significant association with meat quality traits (1-Mb SNP windows). Highlighted, we found regions associated with three genes?neuronal growth regulator 1 (NEGR1, chr03: 70884613?71949611), dynamin 3, and phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class C (DNM3/PIGC, chr16: 37340706?38007593)?related to lipid metabolism and obesity. Our results provide a better understanding of QTL regions associated with meat quality unexplored in our previous Bayesian approach. MenosThe quality of meat, which includes several traits such as tenderness, juiciness, and fat thickness, is essential for the beef industry. Previous genome-wide association studies (GWAS) using Bayesian methods have shown that Brazilian Nellore cattle have enough genetic variation for improvement of these traits. Thus, the aim of this study was to further identify quantitative trait loci (QTL) associated with meat-quality-related traits in Nellore beef cattle by using the univariate linear mixed model (LMM) approach implemented in the GEMMA software and compare it with our previous GWA studies performed using Bayesian approaches. A total of 387 Nelore steers comprising 34 half-sib families were genotyped using the IlluminaBovineHDBeadChip. We analyzed the association between markers and Warner-Bratzler shear force, backfat thickness, ribeye muscle area, scanning parameters lightness (L*), redness (a*), and yellowness (b*) to ascertain color characteristics of the meat, water-holding capacity, cooking loss, muscle pH, myofibrillar fragmentation index, saturated fat sum, omega-6 fatty acids sum, omega-3 fatty acids sum, and ethereal extract. These phenotypes were measured in the Longissimus dorsi muscle between the 11th and 13th ribs collected at slaughter. We identified fifty-three genomic regions that each contained at least one single nucleotide polymorphism (SNP) that showed a significant association with meat quality traits (1-Mb SNP windows). Highlighted, we found regions a... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Genome-wide association studies. |
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Thesagro: |
Gado de corte. |
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Thesaurus Nal: |
Beef cattle; Meat quality; Nellore; quantitative trait loci. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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Marc: |
LEADER 02864naa a2200337 a 4500
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005 2017-02-09
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520 $aThe quality of meat, which includes several traits such as tenderness, juiciness, and fat thickness, is essential for the beef industry. Previous genome-wide association studies (GWAS) using Bayesian methods have shown that Brazilian Nellore cattle have enough genetic variation for improvement of these traits. Thus, the aim of this study was to further identify quantitative trait loci (QTL) associated with meat-quality-related traits in Nellore beef cattle by using the univariate linear mixed model (LMM) approach implemented in the GEMMA software and compare it with our previous GWA studies performed using Bayesian approaches. A total of 387 Nelore steers comprising 34 half-sib families were genotyped using the IlluminaBovineHDBeadChip. We analyzed the association between markers and Warner-Bratzler shear force, backfat thickness, ribeye muscle area, scanning parameters lightness (L*), redness (a*), and yellowness (b*) to ascertain color characteristics of the meat, water-holding capacity, cooking loss, muscle pH, myofibrillar fragmentation index, saturated fat sum, omega-6 fatty acids sum, omega-3 fatty acids sum, and ethereal extract. These phenotypes were measured in the Longissimus dorsi muscle between the 11th and 13th ribs collected at slaughter. We identified fifty-three genomic regions that each contained at least one single nucleotide polymorphism (SNP) that showed a significant association with meat quality traits (1-Mb SNP windows). Highlighted, we found regions associated with three genes?neuronal growth regulator 1 (NEGR1, chr03: 70884613?71949611), dynamin 3, and phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class C (DNM3/PIGC, chr16: 37340706?38007593)?related to lipid metabolism and obesity. Our results provide a better understanding of QTL regions associated with meat quality unexplored in our previous Bayesian approach.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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| 1. |  | VIGNATO, B. S.; COUTINHO, L. L.; CESAR, A. S. M.; POLETI, M. D.; REGITANO, L. C. de A.; BALIEIRO, J. C. de C. Comparative muscle transcriptome associated with carcass traits of Nellore cattle. BMC Genomics, v. 18, n. 506, p. 1-13, 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 2. | | VIGNATO, B. S.; REGITANO, L. C. de A.; COUTINHO, L. L.; CESAR, A. S. M.; POLETI, M. D.; BALIEIRO, J. C. de C. NEDD4: a putative candidate gene for ribeye area in Nellore steers. In: WORKSHOP ON OMICS STRATEGIES APPLIED TO LIVESTOCK SCIENCE, 1., 2017, Piracicaba, SP. Proceedings... São Carlos, SP: Embrapa Pecuária Sudeste, 2017. p. 15. (Embrapa Pecuária Sudeste. Documentos, 125) Editores: Luiz Lehmann Coutinho, ESALQ/USP; Luciana Correia de Almeida Regitano, Embrapa Pecuária Sudeste; Gerson Barreto Mourão, ESALQ/USP; Aline Silva Mello Cesar, ESALQ/USP; Bárbara Silva Vignato, FZEA/USP; Mirele Daiana Poleti,...| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 3. | | OLIVEIRA, G. B.; KAPPELER, B. G.; CESAR, A. S. M.; POLETI, M. D.; REGITANO, L. C. de A.; COUTINHO, L. L. Micrornas expression profile and functional enrichment of Longissimus Dorsi muscle in Nellore cattle. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 61., 2015, Águas de Lindóia. Anais...Águas de Lindóia: Sociedade Brasileira de Genética, 2015.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 4. | | KAPPELER, B. I. G.; REGITANO, L. C. de A.; POLETI, M. D.; CESAR, A. S. M.; MOREIRA, G. C. M.; GASPARIN, G.; COUTINHO, L. L. MiRNAs differentially expressed in skeletal muscle of animals with divergent estimated breeding values for beef tenderness. Molecular Biology, v. 20, n. 1, p. 2-11, 2019.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 5 |
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| 5. | | OLIVEIRA, G. B. de; CESAR, A. S. M.; FELÍCIO, A. M.; KAPPELER, B. I. G.; POLETI, M. D.; REGITANO, L. C. de A.; COUTINHO, L. L. Evidence of miRNA regulation of intramuscular fat deposition in beef cattle. In: PLANT AND ANIMAL GENOME CONFERENCE, 24., 2016, San Diego. Anais... San Diego: PAG, 2016.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 6. | | MOREIRA, G. C. M.; CESAR, A. S. M.; GODOY, T. F.; BOSCHIERO, C.; LEDUR, M. C.; GARRICK, D. J.; MOURA, A. S. A. M. T.; COUTINHO, L. L. Genome-wide association studies reveal genomic windows and candidate genes related to fat deposition in chickens. In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 24., 2016, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s.n.], 2016. Pôster P0647.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 7. | | VIGNATO, B. S.; COUTINHO, L. L.; CESAR, A. S. M.; POLETI, M. D.; REGITANO, L. C. de A.; BALIEIRO, J. C. de C. Gene co-expression network analysis associated with carcass traits in Nellore steers. In: ANNUAL CONFERENCE OF AUSTRALIAN MARINE SCIENCES ASSOCIATION, 57., 2017, Darwin, Australia. Proceedings... Darwin, Australia: AMSA, 2017.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 8. | | VIGNATO B. S.; COUTINHO, L. L.; POLETI, M. D.; CESAR, A. S. M.; MONCAU, C. T.; REGITANO, L. C. de A.; BALIEIRO, J. C. C. Gene co-expression networks associated with carcass traits reveal new pathways for muscle and fat deposition in Nelore cattle. Genomics, v. 20, n. 32, p. 2-13, 2019.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 9. | | OLIVEIRA, G. B. de; CESAR, A. S. M.; FELICIO, A. M.; POLETI, M. D.; REGITANO, L. C. de A.; COUTINHO, L. L. Gene network regulated by microRNAs suggests modulation of fat deposition in cattle. Journal of Animal Science, v. 94, e-suppl. 5; Journal of Dairy Science, v. 99, e-suppl. 1, p. 159, jul. 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 10. | | DINIZ, W. J. DA S.; TIZIOTO, P. C.; COUTINHO, L. L.; CESAR, A. S. M.; GROMBONI, C. F.; NOGUEIRA, A. R. de A.; REGITANO, L. C. de A. Transcriptomic analysis identifies differentially expressed genes related to lipid metabolism in extreme animals for GEBV for iron content in the muscle Nelore steers. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 52., Belo Horizonte, 2015. Anais... Belo Horizonte: SBZ, 2015.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 11. | | RIPAMONTE, P.; BACCAGLINI, M.; CESAR, A. S. M.; FIGUEIREDO, L. G. G.; BALIEIRO, J. C. C.; CAETANO, A. R.; MEIRELLES, F. V. Estimation of taurindicine hybridization of American Zebu cattle in Brazil. Genetics and Molecular Research, v. 11, n. 1, p. 393-403, 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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| 13. | | SILVEIRA, J. C. da; FERRONATO, G. de A.; OLIVEIRA, J. F. C. de; HENKES, L. E.; BENAVIDES, M. V.; CESAR, A. S. M. Marcadores moleculares aplicados à seleção animal. In: GONÇALVES, P. B. D.; FIGUEIREDO, J. R. de; GASPERIN, B. G. (ed.). Biotécnicas aplicadas à reprodução animal e à humana. 3. ed. Rio de Janeiro: Roca, 2021. p. 323-340.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
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| 17. | | SOUZA, M. M.; ZERLOTINI, A.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N.; SOMAVILLA, A. L.; MOKRY, F. B.; CESAR, A. S. M.; DINIZ, W. J. S.; MUDADU, M. A.; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. A. Complex pattern of CAST allelic expression in bovine muscle tissue. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 22., 2014, Boston, USA. Program... [Boston]: International Society for Computational Biology, 2014. Não paginado. ISMB 2014. Pôster E13.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 18. | | NOVAIS, F. J. DE; YU, H.; CESAR, A. S. M.; MOMEN, M.; POLETI, M. D.; PETRY, B.; MOURÃO, G. B.; REGITANO, L. C. de A.; MOROTA, G.; COUTINHO, L. L. Multi-omic data integration for the study of production, carcass, and meat quality traits in Nellore cattle. Frontiers in Genetics, v. 13, 948240, oct. 2022. 14 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 19. | | SOUZA, M. M.; ZERLOTINI, A.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N.; SOMAVILLA, A. L.; MOKRY, F. B.; CESAR, A. S. M.; DINIZ, W. J. S.; MUDADU, M. A.; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. A. Monoallelic expression of NNAT gene in Nelore steers skeletal muscle. In: WORLD CONGRESS OF GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 10.; 2014, Vancouver. Proceedings... Vancouver: American Society of Animal Science, 2014. Não paginado. WCGALP 2014.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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